Используйте сочетание клавиш «Windows» + «R»
В отобразившемся поле наберите appwiz.cpl и кликните «ОК».

Среди списка софта найдите «Atom», кликните по надписи правой кнопкой мыши и выберите «Удалить».

Если вы желаете очистить все служебные файлы обозревателя, установите галочку напротив пункта «Также удалить данные о работе браузера».

Кликните по кнопке «Удалить».
Дождитесь окончания процесса деинсталляции.